তাঁর উন্নত আমল, দায়িত্ববোধ ও কর্মদক্ষতার প্রতি লক্ষ্য করে পীরে কামেল শাহ সুলতান আহমদ নানুপুরী (রহ.) তাঁর জীবদ্দশাতেই আল্লামা জমিরুদ্দীন (রহ.)কে মহাপরিচালক হিসেবে মনোনীত করে দায়িত্ব অর্পন করেন। আল্লামা নানুপুরী (রহ.)এর জীবদ্দশাতেই তিনি প্রায় দশ বছর যাবত এই জামিয়ার মহাপরিচালকের দায়িত্ব পালন করেন এবং ইন্তিকালের আগ পর্যন্ত এই গুরু দায়িত্ব আঞ্জাম দিয়ে যান।

আল্লামা শাহ জমির উদ্দিন নানুপুরী (রহ.)এর ২৫ বছরের সুদক্ষ ও গতিশীল নেতৃত্বে জামিয়া ওবাইদিয়া নানুপুর অভূতপূর্ব সাফল্য অর্জন করে। তাঁর সুদক্ষ পরিচালনা ও কঠোর মেহনতের ফলে জামিয়া উবাইদিয়ার লেখা পড়ার কাঙ্খিত মান অর্জন, বিভিন্ন নতুন বিভাগ চালু, ছাত্র সংখ্যা বৃদ্ধি ও অবকাঠামোগত উন্নয়ন ঈর্ষণীয় পর্যায়ে পৌঁছে যায়।

ছাত্র জীবনেই তিনি সর্বপ্রথম পটিয়ার মুফতি সাহেব (রহ.)এর হাতে বায়আত ও পরবর্তীতে ইজাযত প্রাপ্ত হন। এরপর কুতবে আলম হযরত শাহ আল্লামা সুলতান আহমদ নানুপুরী (রহ.)এর নিকট হতে তিনি খিলাফতপ্রাপ্ত হন। পাশাপাশি তিনি দারুল উলূম হাটহাজারী মাদ্রাসার স্বনামধন্য সাবেক মহাপরিচালক শাইখুল ইসলাম আল্লামা শাহ আহমদ শফী (রহ.)এর হাতেও বায়আত গ্রহণ ও ইজাযতপ্রাপ্ত হন। গোটা বাংলাদেশে তাঁর অগণিত খলীফা, মুরিদ, মুতাআল্লিক্বীন ও শাগরিদ ছড়িয়ে-ছিটিয়ে আছে। বৃহত্তর চট্টগ্রাম, নোয়াখালী, কুমিল্লা, রাজশাহী, রংপুরসহ দেশের বিভিন্ন জেলায় তিনি বহু মাদরাসা, খানকাহ ও ইসলামী পাঠাগার প্রতিষ্ঠা করে যান।

আল্লামা শাহ জমিরুদ্দীন নানুপুরী (রহ.)এর মাঝে ছোটবেলা থেকেই পড়াশোনা ও কর্তব্য পালনে একনিষ্ঠতা এবং আমল-আখলাকে বুযর্গীর একটা প্রভাব পরিলক্ষিত হত। এ পর্যায়ে আমার নিজের একটা অনুভূতি প্রকাশ করছি। জামিয়া আহলিয়া দারুল উলূম হাটহাজারীতে হযরত আল্লামা শাহ জমিরুদ্দীন (রহ.) যখন দাওরায়ে হাদীস অধ্যয়ন করছিলেন, তখন আমি মিযান জামাতের ছাত্র ছিলাম। হযরত তখন ছিলেন অত্যন্ত সুদর্শন টগবগে এক তরুণ। দাওরায়ে হাদীস অধ্যয়নের সেই ছাত্র অবস্থাতেই আমরা হযরতকে সবসময় দরসে ও কিতাব মুলায়ায় অত্যন্ত মনোযোগী দেখেছি। তিনি অন্যান্য ছাত্রদের মতো দরসের বাইরে বিকেলের অবসর সময়েও কখনো ক্যাম্পাসের বাইরে দোকানপাটে বা বাজারে যেতেন না। তিনি ছাত্রদের সাথে আড্ডা বা অনর্থক আলাপচারিতায় জড়াতেন না। সেই ছাত্র জীবনেও হযরত অন্যান্য ছাত্রদের থেকে যে ব্যতিক্রম ছিলেন, সহজেই যে কারো চোখে পড়তো। তিনি খুব কম কথা বলতেন। সবসময় পাবন্দীর সাথে জামাতে নামায আদায় করতেন। চলাফেরায় পরিপূর্ণ সুন্নাতের অনুসারী ছিলেন। ছাত্র জীবনেও হযরত কুরআন তিলাওয়াত, যিকির, তাহাজ্জুদ ও নফল ইবাদত-বন্দেগীর প্রতি বিশেষ মনোযোগী ছিলেন। যার ফলে অন্যান্য ছাত্ররা হযরতকে বিশেষ সম্মান ও সমীহ করে চলতো।

হযরত (রহ.) দাওরায়ে হাদীস উত্তীর্ণ হয়ে দারুল উলূম হাটহাজারী থেকে ফারেগ হওয়ার পর দীর্ঘ দিন আর হযরতের সাথে আমার দেখা হয়নি। কারণ, তখন বর্তমানের মতো যাতায়াত ব্যবস্থাও এত সহজ ছিল না। ফারেগ হওয়ার পর যখন আমি গড়দুয়ারা মাদ্রাসায় শিক্ষকতায় ছিলাম, তখন অনেক বছর পর হযরত শাহ জমিরুদ্দীন (রহ.)কে দ্বিতীয় বারের মতো দেখলাম মাদ্রাসার মাহফিলে বয়ান করতে। এর আগে হযরতের বয়ান কখনো আর শোনা হয়নি আমার। গড়দুয়ার মাদ্রাসা মাহফিলে হযরতের সুন্নাত ও আমলের উপর দীর্ঘ সুমধুর বয়ানে আমি এতটাই বিমুগ্ধ ও আবিষ্ট হয়ে পড়েছিলাম যে, কখন থেকে আমার দুইচোখ বেয়ে অশ্রু ঝরতে শুরু করেছে, টেরই পাইনি। ছাত্র জীবনে হযরত আমল-আখলাক দেখা এবং এরপর গড়দুয়ার বয়ান শোনার পর হযরতের প্রতি আমার এত প্রগাঢ় শ্রদ্ধাবোধ তৈরি হয়েছিল যে, ভাষায় প্রকাশ করার মতো নয়। এরপর হযরতের সাথে সময়ে সময়ে প্রায়ই দেখাসাক্ষাত ও বিভিন্ন দ্বীনি বিষয়ে মতবিনিময় হতো। হযরত (রহ.)ও আমাকে অত্যন্ত আপন জানতেন বলে স্পষ্ট অনুভব করতাম।

ছাত্র জীবন থেকেই তাঁর এই আধ্যাত্মিক প্রতিভার বিকাশ হতে হতে এক সময় তিনি শুধু বাংলাদেশ ব্যাপী নয়, বরং বিশ্বের অনেক রাষ্ট্রের লাখো উলামায়ে দ্বীন এবং সাধারণ মানুষের মুর্শিদের আসনে সমাসীন হন। বাংলাদেশের শীর্ষস্থানীয় উলামা, মুফতি মুহাদ্দিস, ইমাম, খতীব ও ওয়ায়েজের মধ্যে অনেকেই তাঁর সাথে বাইয়াতের সম্পর্ক স্থাপন করেছেন। সরকারী প্রশাসনিক লেভেলের অনেক আইনবিদ, মন্ত্রী, ডিসি, এসপি, এমপি, বিচারক এবং রাজনীতিবিদ ও বিভিন্ন পেশার গণমান্য ব্যক্তিবর্গ হযরতের হাতে বায়আত গ্রহণ করেছেন। যার ফলে দেশের সকল স্তরে হযরতের বিপুল সংখ্যক ভক্ত ও মুরিদ বিদ্যমান ছিল। এতে করে সমাজের নানান স্তরে দ্বীনি শিক্ষার প্রতি আগ্রহ তৈরি ও দাওয়াতী কাজের পরিবেশ সৃষ্টি হয়।

হযরত আল্লামা শাহ জমিরুদ্দীন (রহ.) ছিলেন অত্যন্ত কোমল হৃদয়ের মানুষ। তাঁর চরিত্র এবং ব্যবহারে সকলেই মুগ্ধ হতেন। তিনি ছোট বেলা থেকেই অনুপম আদশের্র অধিকারী ছিলেন। উল্লেখ্য যে, তিনি বাল্যকাল থেকেই কখনো চায়ের দোকানে বসে চা খেতেন না। এমনকি যে জায়গায় মানুষ লাগামহীন কথাবার্তা বলে, গীবত শেকায়াত, গালমন্দ ইত্যাদিতে লিপ্ত হয়, সেই জায়গা থেকে তিনি দূরে থাকতেন। তাঁর চারিত্রিক বৈশিষ্ট্য, বিচক্ষণতা এবং উঁচুস্তরের আমলের কারণে যে কোন মানুষই তাঁর সামনে এসে সাথে সাথে মোমের মত গলে যেত। অনেক বিদআতী পথভ্রষ্ট লোকেরা তাঁর সুমধুর বয়ানের মাধ্যমে হিদায়াতের সন্ধান পান। অনেক বিধর্মী তাঁর বয়ানে ইসলামের অমীয় সুধা পান করেন।